В 2011–2012 роках Бондар не брав участі у політиці, але восени 2012 року Віктор Бондар взяв участь у парламентських виборах як «незалежний кандидат» (зареєструвався як безпартійний самовисуванець) — у мажоритарному виборчому окрузі № 191 на Західній Україні, в Хмельницькій області[10]. Він виграв вибори, перемігши висуванця від Партії Регіонів, голову Хмельницької облради Миколу Дерикота[11]. У Верховнії Раді Бондар разом з іншими самовисуванцями Хмельниччини вступив у фракцію «Партії регіонів».
26 травня 2010 року Кабінет Міністрів запровадив додаткову посаду заступника голови Державної митної служби (вже працювало шестеро заступників) і призначив на неї Віктора Бондаря за квотою комуністичної партії України, яка входила в правлячу коаліцію з «Партією регіонів»[3].
16 червня 2010 року (коли розпочалися перші арешти соратників Тимошенко) Віктор Бондар зробив заяву, що взагалі виходить з політики[4].
Тим не менш, 24 грудня 2010 року Бондар був заарештований — справу порушено за ознаками злочинів, передбачених ч.5 ст.27, ч.2 ст.194 і ст.353 Кримінального кодексу України (пособництво в умисному знищенні чужого майна, що завдав майнової шкоди в особливо великих розмірах, поєднане із самовільним присвоєнням владних повноважень). Віктора Бондаря звинуватили у пособництві в умисному знищенні незавершеного будівництва автовокзалу «Теремки» в Київі в 2006 році (тоді Бондар працював в уряді Єханурова на посаді заступника міністра транспорту Євгена Червоненка), мовляв, його дії спричинили збитки державі на суму понад п'яти з половиною мільйонів гривень (тобто біля $1 млн)[5]. Його арешт генпрокурор Пшонка прокоментував як доказ того, що «влада Януковича» арештовує не лише опозиціонерів, а й «чиновників свого уряду»[6].
Під арештом Бондар перебував лише кілька днів, а вже 28 грудня 2010 його звільнили під «підписку про невиїзд»[7].
Не дивлячись на «підписку про невиїзд» та слідство, Бондар не був звільнений з посади заступника голови Митної служби. 23 березня 2011 Указами Президента Януковича з займаних посад звільнені заступники голови Державної митної служби : Віктор Бондар, Сергій Сьомка, Ігор Тимофєєв, Геннадій Георгієнко, Павло Пашко, але всі вони за наказом голови ДМСУ Ігоря Калєтніка призначені директорами департаментів ДМСУ[8]. Тобто Бондар продовжував працювати керівником департаменту Державної митної служби.
Лише 27 вересня 2012 року стало відомо, що ще в вересні 2011 року — справу проти Бондаря закрили «за відсутністю складу злочину»[9], але з незрозумілих причин про це цілий рік не повідомляли ані сам Бондар, ані генпрокуратура[9].
