Обычно,
плановые выездные проверки ничего страшного в себе не таят. Придет инспектор, какая-нибудь молодая девочка, только-только пришедшая в налоговую из какой-нибудь обменки, где работала кассиром (а больше там некому, все более-менее опытные и понимающие поувольнялись в конце 2008-го-2009-м), покажет Вам журнал/блокнот, где напротив Вашей фамилии/названия будет стоять некая сумма, кореллирующая с Вашим оборотом. Вам будет предложено "найти" у себя нарушений на эту сумму штрафа (+ возможно, некая наличная премия проверяющему/начальству) либо "будем искать сами". Решать Вам.
Другое дело, если внеплановые, которые, в свете последних поправок к закону об НДС о сдаче отчетности в разрезе контрагентов, могут таить, например, такое себе "решение" районной ГНИ о каком-нибудь из Ваших контрагентов, который, по мнению этой самой ГНИ, есть злостным нарушителем, не ведущим хоз.деятельности, и использовался Вами для получения незадекларированной наличной денежной массы. Или наоборот, в зависимости от Вашей специфики. Посему, все сделки с ним считать "никчемными", соответственно, вычесть суммы сделок из налогового кредита, доначислить НДС, прибыль и штраф.
Чтоб Вы не сильно переживали, скажу, что все эти махинации налоговой незаконны, а в наших судах с незаконными решениями бороться значительно дешевле, чем с законными