Многое зависит от того какие панорамы.
Autopano максимально автоматизированная программа, можно сразу несколько панорам загонять или вообще папку скармливать.
Autodesk Stitcher Unlimited заточена под сферические панорамы, очень наглядно клеит.
PTGui изначально программа заточена под серьёзную ручную работу, по мере совершенствования добавлялась автоматика, пожалуй самая продвинутая но и наиболее сложная программа требующая изучения (типа фотошопа но для панорам). Наиболее распространённая программа у панорамщиков.
В последних версиях фотошопа также весьма удачный склейщик панорам, ставка сделана на автоматику.
Прежде чем клеить панорамы их ещё нужно правильно отснять. Правильно снятые панорамы обычно нормально клеятся на автомате. Не совсем правильно снятые или имеющие определённые сложности для автоматики (например большая часть кадра однотонная или с повторяющейся мелкой структурой) приходится в ручном режиме подгонять. Совсем не правильно снятые не клеятся совсем. Затраты на правильную съёмку окупаются экономией при обработке.
Если снимаете не в панорамном режиме, то остаётся ручной: выдержка, диафрагма, фокусировка и баланс белого не должны меняться от кадра к кадру (выдержку можно менять но контролируемо). Также почитайте что такое нодальная точка и с чем её едят. Посмотрите на philopod вещь простая но довольно полезная (проверено на собственном опыте). Ну и уж если хотите большего то вбейте в гугле panoramic head
(без смайлика
).