В 1995 году, кода флот компании насчитывал 216 судов, к её руководству пришёл А. В. Коваль, который так и не разобрался, куда были выведены денежные средства и суда, и к тому же потерял ещё 30 вымпелов. Запущенные его предшественниками механизмы продолжали поглощать средства и суда компании. В том же 1995 году был назначен очередной руководитель А. М. Стогненко; флот ЧМП сократился до 186 вымпелов; были взяты новые кредиты, которые вернуть было уже нереально, и, как следствие, по миру прошла волна арестов судов ЧМП: в 1995—1997 годы компания потеряла 171 судно. На январь 1998 года осталось 15 вымпелов.
В июле 2004 года Министерство транспорта Украины, осуществлявшее общее руководство над ЧМП, было реорганизовано в Министерство транспорта и связи Украины.
На 2004 год компания имела 6 судов и 17 непогашенных кредитов на 11 миллионов долларов. В 2005 году убытки ГСК «ЧМП» составили полмиллиона долларов.