В организме их убивают в основном антитела. В общем, когда вирус (а также это может быть не только вирус, а любое сложное и непривычное для организма вещество или молекулярное образование - т.е. любой антиген) оказывается в организме, клетки иммунной системы лимфоциты "знакомятся" с ним (антигеном), получая "фото преступника", вернее даже не фото, а 3D слепок. Дальше ознакомившиеся клетки проходят достаточно сложный процесс активации, деления и дифференциации, в итоге имеем некоторое количество "клеток памяти", которые будут хранить этот слепок для последующего быстрого использования без активации (так появляется иммунитет после болезней), некоторое количество специально активированных макрофагов, которые начинают искать источники этого антигена (зараженные вирусом клетки) и уничтожать их и активированные B-лимфоциты, которые начинают синтезировать специальные белки-антитела, по форме подходящие к этому 3D слепку, в итоге они при встрече с вирусом прилепляются к нему и обезвреживают его.
В этом механизме есть куча возможных подводных камней (например вирусы СПИДа заражают именно те лимфоциты, которые пытаются их распознать в момент получения ими "слепка"), полученный слепок может оказаться похожим на полезное вещество или на белок клеток самого организма (например белок некоторых видов стрептококка похож на белок клеток миокарда) -и тогда иммунная система начинает атаковать клетки самого организма и т.п.
Но в случае с коронавирусом важен другой момент.
Для маркировки источников антигена используются цитокины. Какой-нибудь макрофаг обнаружив такой источник (зараженную клетку) не только пытается ее уничтожить, но и иногда вырабатывает специальное вещество-метку, называемую цитокин. Это как бы сигнал "Я один не справлюсь! Срочно помогайте!"
Другие макрофаги (даже не активированные под конкретный вид уничтожаемых клеток, обнаружив наличие цитокина, движутся к месту, где его больше и убивают там все подозрительные (и не очень) клетки. Грубо говоря, вызванные по рации спецназовцы вламываются в бар, где происходит драка и мочат всех подряд.
Опасность конкретно этого вида коронавирусов - именно в очень сильном, чрезмерном выбросе цитокинов в местах размножения вируса (клетки легких). Т.е. на этот вирус иногда наблюдается избыточная реакция. Наряд полиции, обнаружив драку не только вызывает подкрепление, но и просит "ввести войска" и даже "нанести ядерный удар", хотя в этом нет необходимости.
