У молодой женщины Иззи Крео смертельно прогрессирует опухоль головного мозга. Её муж-онколог Том отчаянно пытается найти средство, чтобы её спасти, пренебрегая даже последними часами общения с ней. Он ищет лекарство, которым, возможно, станет экстракт дерева из Центральной Америки.
Иззи просит Тома закончить её книгу «Источник», которая в символической форме рассказывает о её болезни, как об инквизиторе, порабощающем средневековую Испанию. Поиск спасения представлен в книге поисками мифического Древа Жизни (источника бессмертия, объединяющего в себе библейский и мезоамериканский мифы) и конкистадором в Новой Испании. Том читает рукопись в больнице в последнюю ночь перед её смертью.
На протяжении всего фильма Том раз за разом видит сон (пижама является указанием на состояние сна): он падает на умирающую звезду в капсуле с Древом Жизни. Детали этого сна соответствуют различным элементам реальности: Том смотрел на жёлтую лампу в лаборатории, когда ему пришла в голову мысль попробовать в качестве лекарства экстракт дерева из Гватемалы - во сне эта жёлтая лампа превратилась в звезду, а поиски лекарства — в падение на неё. Также во сне существует много элементов, которые врезались ему в память в период сильнейшего эмоционального потрясения. Капсула падает на звезду Шибальба, которую жена показывала Тому незадолго до смерти, рассказывая про верования майя. Он разговаривает с Древом, значение которого Иззи упоминала, и которое для него олицетворяет Жизнь и живую жену (ассоциация: волоски на шее жены и волоски на коре дерева). Во сне он делает себе кольцевые татуировки на теле, начиная с безымянного пальца левой руки, так как начал в реальности вместо потерянного обручального кольца делать татуировку перьевой ручкой и чернилами — подарком жены. Периодически во сне повторяется момент, когда Иззи зовёт Тома гулять, а он говорит, что занят. Он испытывает сильнейшее чувство вины за этот эпизод, и в последнем эпизоде (после смерти Иззи) повтора сна между работой и прогулкой с женой всё-таки выбирает прогулку.
Во сне Том просит Древо подождать, так как они почти достигли цели. Но, как и в реальной жизни, Том не успевает, и Древо засыхает (Иззи умирает). Обещание закончить книгу, данное Иззи, вызывает во сне гнев Тома, так как он не знает, как это сделать. Он просит Иззи оставить его в покое, но видит её перед собой в образе Королевы Испании, которая спрашивает, освободит ли он Испанию от рабства. Том понимает, что его подлинным рабством является страх перед смертью, который победила Иззи, и освобождается от него сам.
Во сне Том осознает бессмысленность мечты о вечной жизни для индивида и понимает, как нужно закончить книгу, последним моментом которой после смерти Иззи оставалось убийство конкистадора жрецом майя. В концовке Тома Конкистадор умирает, напившись сока Древа Жизни, когда через него прорастают цветы Древа (повторение мифического мотива сотворения мира майанским богом Первым отцом через его смерть и прорастание из него Древа, о чём Иззи рассказала Тому), а параллельно во сне Шибальба взрывается, давая жизнь новым звёздам. Том переживает катарсис и принимает реальность. Проснувшись, он идёт на могилу Иззи, и вкапывает в неё семя дерева. Он дописал её книгу.
..
