Опричники ограбили Софийский собор, забрали драгоценную церковную утварь и иконы, выломали из алтаря древние Корсунекие врата. В городе прошли повальные тресты. Опричники увезли арестованных в царский лагерь на Городище.
Последующие расправы подробно описаны неизвестным новгородцем, автором Повести о погибели Новгорода, сохранившейся в составе новгородской летописи. Некоторые подробности летописного рассказа вызывают невольные сомнения. Зима в 1570 году выдалась необыкновенно суровая, между тем летописец говорит, что одни опричники бросали в Волхов связанных по рукам и ногам женщин и детей, а другие разъезжали по реке на лодке и топорами и рогатинами топили тех, кому удавалось всплыть. Однако сомнения оказываются напрасными. Вновь открытый немецкий источник о разгроме Новгорода, составленный на основании показаний очевидцев, бежавших за границу, и опубликованный уже в 1572 году во Франкфурте-на-Майне, рисует картину опричных деяний, в деталях совпадающую с летописной.
Опричные судьи вели дознание с помощью жесточайших пыток. Согласно новгородскому источнику, опальных жгли на огне «некоею составною мукою огненною». Немецкий источник добавляет, что новгородцев «подвешивали за руки и поджигали у них на челе пламя». Оба источника утверждают, что замученных привязывали к саням длинной веревкой, волокли через весь город к Волхову и спускали под лед. Избивали не только подозреваемых в измене, но и членов их семей. С женами, как свидетельствует немецкий источник, расправлялись на Волховском мосту. Связанных женщин и детей бросали в воду и заталкивали под лед палками.
Летописец весьма точно определяет круг лиц, привлеченных к дознанию на Городище. Опричники допрашивали архиепископских бояр, многих новгородских служилых людей, детей боярских, а также гостей и купцов. Опричники педантично перебили сначала всех семейных подьячих с их женами и детьми, а затем холостых приказных Новгорода.