В декабре 1943 г. Бегин стал руководителем подпольной организации «Иргун» и в этом качестве провозгласил восстание против английского мандата, начав нападения и террористические акции против английских войск, властей и учреждений (из них наиболее известен взрыв английской штаб-квартиры в иерусалимской гостинице «Царь Давид»). Англичане назначили за его голову награду в 10 тыс. фунтов (30 тыс. долларов).
Впоследствии, в одном из интервью на замечание, что он, как и Арафат, является террористом, Бегин ответил: «Я террорист, а он — бандит!».
В 1944 и 1948 годах (см. дело «Альталены») дважды возникали ситуации, когда «Иргун» была на грани вооруженных столкновений с Хаганой (подпольная вооружённая организация, подчинявшаяся руководству Сионистской федерации); оба раза только прямой запрет Бегина на акции против евреев спас сионистов от междоусобной войны.
Бегин — активный участник Войны за независимость Израиля; несет определённую ответственность за резню в Дейр-Ясине, как глава Эцеля, хотя местный командир делал всё по своему усмотрению, и Бегин в боях не участвовал.
В 1948 г., после создания Государства Израиль, «Иргун» самораспустился и влился в Армию Обороны Израиля. На основе «Иргуна» Бегин создает партию «Херут» («Свобода») и, в качестве её руководителя, становится лидером правой оппозиции в Кнессете. На выборах в Кнессет 1-го созыва 25 января 1949 г. Херут получил 11,5 % голосов
