Причиной Вашей проблемы может быть плохо или совсем непропененный подоконный брус. В таком случае сквозит из-под подоконника и между оконной рамой и подоконником.
Если Вы недавно сделали ремонт - это тоже может быть причиной,т.к. стены впитывают влагу (грунтовка, шпатлевка и др.), а потом...