Скорее всего речь о льготах по налогообложению зароботной платы .Когда вас брали на работу должны были взять заявление об отказе от льгот по налогообложению.Это не ваш косяк а бухгалтерии.А налоговая в данной ситуаии вам ничего не предъявит,налоги перечисляло предприятие.Если хотите и дальше...