Не сервера заражаются ,если админ вменяемый, а аккаунты пользователей на этих серверах, которые ставят дырявые плагины на свои сайты, скачивают шаблоны с бекдорами и т.п.
для пользовательских систем - это наверное чаще всего кейлоггеры.
ну или некие программы, ждущие пока пользователи введут...