29 ноября 1985 года Алексей Порошенко был задержан городским отделом внутренних дел Бендер за хищение материальных ценностей в особо крупных размерах, санкция на его арест была выдана 2 декабря 1985 года. Обвинялся также в создании вооружённой охраны и незаконном владении оружием. Следующие полгода досудебного следствия Алексей Порошенко просидел в следственном изоляторе города Бендеры. 20 июля 1986 года Алексей Порошенко был осужден приговором коллегии по уголовным делам Верховного Суда Молдавской ССР по статьям 155-1, 123 ч.2, 220 ч.2, 227 ч.1 Уголовного кодекса МССР к 5 годам лишения свободы с отбыванием наказания в исправительно-трудовой колонии общего режима, конфискацией имущества и лишением права занимать руководящие должности сроком на 5 лет (уголовное дело № 2-121/86). Судимость Алексея Порошенко была отменена досрочно актом амнистии цеховикам согласно ст. 1 п. «б» Указа Президиума Верховного Совета СССР от 18 июня 1987 (на свободу он вышел 21 августа 1987 года).