В 2015 году в журнале Nature Medicine вышла статья «A SARS–like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence».В этой работе ученые из США и Китая описывают создание искусственного гибридного коронавируса. Ученые изучали возможность заражения этим коронавирусом линии эпителиальных клеток легких человека. Оказалось, что инфицирование возможно и авторы предупредили о потенциальной угрозе передачи очередной коронавирусной инфекции от летучих мышей к людям. Ранее, по–видимому, это уже происходило в случае вируса атипичной пневмонии.
Конспирологи отметили тот факт, что китайские специалисты, которые создавали этот гибридный коронавирус, способный заражать клетки человека, работали в Институте вирусологии Уханя и позже продолжили свои исследования. Они же и открыли новое инфекционное заболевание – COVID–19. Что если новый коронавирус SARS–CoV–2 сбежал из китайской лаборатории?
Конечно, забавно, что некоторых конспирологов удивляет даже тот факт, что вирусологи, целенаправленно изучающие коронавирусы, из крупнейшего центра, изучающего коронавирусы, открыли новый коронавирус.
А кто еще мог его обнаружить? Тракторист из Хогвартса?Но главная проблема этой конспирологической теории в том, что ее очень легко проверить. В статье 2015 года указано, что авторы вносили изменения в геном адаптированного к мыши вируса SARS Coronavirus MA15, заменив в нем ген, кодирующий шиповидный белок (Spike protein) на аналогичный из другого коронавируса, который называется RsSHC014–COV. Шиповидный белок позволяет этим вирусам проникать в клетки. Новый вирус назвали SHC014–MA15.В свободном доступе не трудно найти геномы коронавирусов MA15, RsSHC014–COV, SARS–CoV–2 и многих других коронавирусов. Эти геномы кодируют белки, аминокислотные последовательности которых можно сравнить.За пять минут я провел такой анализ для полипротеина 1ab. Полипротеины 1ab новых коронавирусов (COVID–19) имеют между собой сходство от 99.82% до 100% (identity) – это доля совпадающих аминокислот в выравнивании. Из всех известных вирусов наиболее родственный по этому полипротеину коронавирус из летучий мыши – RaTG13 (98.53% сходства). Полипротеин ab из коронавируса MA15 имеет лишь 86.03% сходства. На картинке фрагмент выравнивания: сверху вниз расположены полипротеины 1ab из SARS–CoV–2, RaTG13 и MA15. Даже глазами видно, что третий полипротеин отличается больше остальных, т.е. эволюционно более далек.Еще за пять минут я провел такой анализ для шиповидного белка. Как я уже писал, этот ген авторы из статьи в Nature Medicine брали из коронавируса RsSHC014 летучих мышей. Эти белки у новых коронавирусов SARS–CoV–2 имеют между собой сходство от 97.8 до 100%. Шиповидный белок из RsSHC014 имеет лишь 77.31% сходства с таковым из SARS–CoV–2. Шиповидный белок из Coronavirus MA15 имеет 75.88% сходства.А вот наиболее родственный этому белку – его аналог из все того же коронавируса летучей мыши – RaTG13 (97.41% сходства).
Этот коронавирус описан в Китае в 2013 году. Сам он людей не заражает, но у него было полно времени мутировать. Вообще про эволюцию SARS–CoV–2 недавно вышла новая статья в Nature Medicine «The proximal origin of SARS–CoV–2».
Авторы также отвергают гипотезу, что вирус был искусственно сконструирован.
Таким образом, новый коронавирус SARS–CoV–2, который является виновником сложившейся пандемии, не может быть «сбежавшим» из Уханьской лаборатории гибридным вирусом, описанным в 2015 году в журнале Nature Medicine. Кейс закрыт. Это один из примеров того, для чего нужна биоинформатика.Update: — Что если сбежал другой вирус? — А потом ученые вернули его во времени до 2013 года и заразили им летучую мышь. Ученые скрывают машину времени. — Почему какой–то Ухань оказался в центре истории? — Надо знать, что Ухань больше Нью–Йорка, Лондона или Парижа.
